1、增值税
（1）存货转移涉增值税问题
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》：将自产、委托加工或者购进的货物作为投资视同销售，缴纳增值税。
根据国家税务总局《关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。
（2）土地增值税
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）规定，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第五条规定，自2006年3月2日起，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用财税字〔1995〕48号文件第一条暂免征收土地增值税的规定。
2、营业税
根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税〔2002〕191号）规定，自2003年1月1日起，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税；对股权转让不征收营业税。
根据《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则，营业税征收范围为有偿提供劳务、转让无形资产、销售房地产，转让企业产权是整体转让资产、债权、债务、劳动力的行为，其转让价格不仅是由资产价值决定的，与提供劳务、销售不动产、无形资产完全不同，因此不缴纳营业税。
3、契税
《契税暂行条例细则》第八条规定，以土地、房屋权属作价投资、入股，视同土地使用权转让、房屋买卖或者房屋赠与征税。
根据江苏省南通地方税务局对“企业重组契税政策的解读”：
（1）按照《财政部国家税务总局关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2008]175号）的规定执行。财税财税[2008]175号规定：“企业依照法律规定、合同约定分设为两个或两个以上投资主体相同的企业，对派生方、新设方承受原企业土地、房屋权属，不征收契税。”对照此规定，一个公司公立享受免征契税的条件是派生方、新设方承受原企业土地、房屋权属，也就是说如果公司是以房产、土地等进行投资进行企业分立的是可以不征契税的，但是如果是以现金方式进行投资，而由新设立的企业用现金再购买土地或者房产，则不能享受税收优惠。
（2）《关于全资子公司承受母公司资产有关契税政策的通知》（国税函[2008]514号）规定：“公司制企业在重组过程中，以名下土地、房屋权属对其全资子公司进行增资，属同一投资主体内部资产划转，对全资子公司承受母公司土地、房屋权属的行为，不征收契税。”其中包含了一个重要的条件，即享受税收优惠是以企业重组为条件的。而按照《关于企业改制重组若干契税政策》（财税[2003]184号）以及《财政部国家税务总局关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2008]175号）的规定，企业改制重组只包括下列几种形式：企业公司制改造、企业股权转让、企业合并、企业分立、企业出售、企业注销、破产、其他。例如：上市公司与其子公司是两个不同的法人主体，之间的交易不符合免征契税的条件。”
《公司法》规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。
投资人以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。由于契税的纳税义务人是境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人。因此，以房地产投资入股，按规定应由接受房地产投资的被投资方在办理产权转移手续时缴纳契税，其计税依据为按评估机构核定的评估价。
4、印花税
根据《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发〔1991〕155号）第十条规定，“财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。《财政部、国家税务总局关于印花税若干政策的通知》（财税〔2006〕162号）规定，对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税；对商品房销售合同按照产权转移书据征收印花税。因此根据印花税规定，以房地产投资入股属于财产所有权的转移，应当按“产权转移书据”税目征收印花税，投资方要按万分之五的税率缴纳印花税，其计税依据为按评估机构核定的评估价。
《印花税暂行条例》第八条规定，同一凭证，由两方或者两方以上当事人签订并各执一份的，应当由各方就所执的一份各自全额贴花。也就是说，以房地产投资入股，根据印花税规定，签订“产权转移书据”的双方都要按万分之五的税率缴纳印花税。
5、房产税、城镇土地使用税
企业以房地产对外投资，是以企业拥有的房屋产权换取被投资企业的股权，投资后，房屋的产权即归被投资企业所有，被投资企业对该房屋享有独占权和处置权。从会计处理的角度来看，投资方将房地产投出后，账面的固定资产即消失，被投资企业按照“接受投资的固定资产的计价”原则确认该项固定资产。
因此，以房地产投资入股，其房屋的所有权已发生转移，其应缴纳的房产税应由拥有房屋产权的新公司缴纳。
《城镇土地使用税暂行条例》第二条规定，在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税的纳税人，应当依照规定缴纳土地使用税。由于企业以房地产对外投资，被投资的房地产的土地使用权随之转移到被投资企业所有，因此新公司应按规定计缴城镇土地使用税。
由于城镇土地使用税以实际占用的土地面积为计税依据，按规定税额征收，因此不会增加税收。
6、企业所得税
《企业所得税法实施条例》第七十五条规定，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，企业在重组过程中，应当在交易发生时确认有关资产的转让所得或者损失，相关资产应当按照交易价格重新确定计税基础。
《企业所得税法实施条例》第二十五条规定，企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）规定，属于企业自制的资产，应按企业同类资产同期对外销售价格确定销售收入；属于外购的资产，可按购入时的价格确定销售收入。企业将房地产进行股权投资，也就是发生了非货币性资产交换，根据上述规定，应确认财产损益计缴企业所得税。同时投资双方按所得税法的相应规定进行所得税的其他处理。
企业所得税的处理是按公允价销售资产确认应纳税所得额来处理，相应的账面价为其成本，年未时进行汇算清缴。