甲公司的股东乙将公司的营业收入1000万元直接转入个人账户，没有将公司的营业收入转入公司的账户。甲公司在财务处理上仍然将1000万元的收入正常入账，且及时进行纳税申报，交纳税款。对于甲公司乙股东的行为法律分析如下：
一、税法上的责任
按照常理，股东乙如果不是出于避税的考虑（此处分析不考虑股东乙对于现金的要求及转移公司财产的目的），没有必要将本来归属于甲公司的1000万元的营业收入不经过公司的基本账户，直接转入到个人账上，这样会带来很多不必要的麻烦。
（一）1000万元的货款需要交纳170万的增值税，如果企业正常登记入账，对于增值税的交纳上不存在风险。
（二）在交纳企业所得税方面，1000万元也是要交纳的。抛开成本要素不考虑，1000万元需要交纳1000*25%=250万的企业所得税。如果甲公司对于企业所得税也正常交纳的话，对于企业所得税不存在风险。
（三）股东从本应该入公司的帐的资金转到个人账上，按照我国税法的规定，该行为视为对于股东个人的分红。股东个人的分红应该缴纳20%的个人股息红利所得税，乙股东的个人股息红利所得税为200万元。因为股东乙直接将本应入公司的帐资金转到个人帐，等于股东没有缴纳个人股息红利所得税。偷逃200万元的税款属于重大违法犯罪的行为。
（四）对公司年度报告公示的影响（以前属于企业年检）。公司本来有1000万元的现金流入，但是由于股东将本应该入公司的帐的资金转到个人名下，直接导致公司少了1000万元的现金，对于年度报告公示会产生重大影响。
二、刑法上的责任
（一）职务侵占罪（刑法第271条），是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。1000万元的营业收入本来属于公司的货币资金，在会计上归属于公司的资产。
如果公司股东乙利用自己职务上的便利，以非法占有为目的侵占公司的货币资金1000万，有可能构成职务侵占罪。由于1000万金额比较大，属于严重的职务侵占行为。
（二）挪用资金罪，根据我国《刑法》和有关司法解释规定，是指公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过3个月未还的，或者虽未超过3个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
股东乙利用自己职务上的便利，若将1000万元的货款挪作他用，可能构成挪用资金罪。由于1000万金额较大，属于严重的挪用资金的行为。
三、民事上的责任
（一）1000万元的营业收入属于公司的资产，假如企业的组织形式为个人独资企业的话，直接后果可能出现企业与个人财产的混同，当对外需要承担责任时，可能会导致无限连带责任，带来重大的法律风险。假如企业的组织形式为公司的话，抽走1000万元的股东需要将1000万元返还公司，在1000万元以内承担责任。
（二）客户将1000万元没有经过公司基本账号直接打到股东乙的账上，说明客户并没有与公司结清债权债务关系。在民法的角度上讲，客户转给股东乙一笔钱，但是公司与客户1000万元的债权债务仍然存在，对于客户存在很大的法律风险。因此客户不经过公司基本账号打到个人账上风险大，客户采取这张方法的可能性偏小。
四、其他相关法律的规定
1.《人民币银行存款账户结算管理办法》的相关规定
第四十条 单位从其银行结算账户支付给个人银行结算账户的款项，每笔超过5万元的，应向其开户银行提供下列付款依据：
（一）代发工资协议和收款人清单。
（二）奖励证明。
（三）新闻出版、演出主办等单位与收款人签订的劳务合同或支付给个人款项的证明。
（四）证券公司、期货公司、信托投资公司、奖券发行或承销部门支付或退还给自然人款项的证明。
（五）债权或产权转让协议。
（六）借款合同。
（七）保险公司的证明。
（八）税收征管部门的证明。
（九）农、副、矿产品购销合同。
（十）其他合法款项的证明。
从单位银行结算账户支付给个人银行结算账户的款项应纳税的，税收代扣单位付款时应向其开户银行提供完税证明。
该条款说明，公司如果将资金打给个人帐，也就是日常所说的公对私，若转账金额达到一定的额度，要向银行提供相关的证据材料，且要经过中国人民银行的审批。若给股东乙转账1000万是比较困难的。如果转账金额在5万元以下，可以直接转账给个人。但是1000万如此大的金额，在操作上比较困难。
2.第四十二条 单位银行结算账户支付给个人银行结算账户款项的，银行应按第四十条、第四十一条规定认真审查付款依据或收款依据的原件，并留存复印件，按会计档案保管。未提供相关依据或相关依据不符合规定的，银行应拒绝办理。
第六十二条 银行应对已开立的单位银行结算账户实行年检制度，检查开立的银行结算账户的合规性，核实开户资料的真实性；对不符合本办法规定开立的单位银行结算账户，应予以撤销。对经核实的各类银行结算账户的资料变动情况，应及时报告中国人民银行当地分支行。
银行应对存款人使用银行结算账户的情况进行监督，对存款人的可疑支付应按照中国人民银行规定的程序及时报告。
第六十七条 银行在银行结算账户的使用中，不得有下列行为：
（一）提供虚假开户申请资料欺骗中国人民银行许可开立基本存款账户、临时存款账户、预算单位专用存款账户。
（二）开立或撤销单位银行结算账户，未按本办法规定在其基本存款账户开户登记证上予以登记、签章或通知相关开户银行。
（三）违反本办法第四十二条规定办理个人银行结算账户转账结算。
（四）为储蓄账户办理转账结算。
（五）违反规定为存款人支付现金或办理现金存入。
（六）超过期限或未向中国人民银行报送账户开立、变更、撤销等资料。
银行有上述所列行为之一的，给予警告，并处以5000元以上3万元以下的罚款；对该银行直接负责的高级管理人员、其他直接负责的主管人员、直接责任人员按规定给予纪律处分；情节严重的，中国人民银行有权停止对其开立基本存款账户的核准，构成犯罪的，移交司法机关依法追究刑事责任。
从以上条款可以看出，银行对于公司的账号会进行监管，防止公司帐外帐的存在。若公司违反规定对外转账，将面临法律风险。