1.公司出资购买房屋、汽车，权利人却写成股东，而不是付出资金的单位;
2.账面上列示股东的应收账款或其他应收款;
3.成本费用中公司费用与股东个人消费混杂在一起不能划分清楚;
按照《个人所得税法》及国家税务总局的有关规定，上述事项视同为股东从公司分得了股利，必须代扣代缴个人所得税，相关费用不得计入公司成本费用，从而给公司带来额外的税负。
4.外资企业仍按工资总额的一定比例计提应付福利费，且年末账面保留余额;
5.未成立工会组织的，仍按工资总额一定比例计提工会经费，支出时也未取得工会组织开具的专用单据;
6.不按《计税标准》规定的标准计提固定资产折旧，在申报企业所得税时又未做纳税调整，有的公司存在跨纳税年度补提折旧(根据相关税法的规定成本费用不得跨期列支);
7.生产性企业在计算成品成本、生产成本时，记账凭证后未附料、工、费耗用清单，无计算依据;
8.计算产品(商品)销售成本时，未附销售成本计算表;
9.在以现金方式支付员工工资时，无员工签领确认的工资单，工资单与用工合同、社保清单三者均不能有效衔接;
10.开办费用在取得收入的当年全额计入当期成本费用，未做纳税调整;
11.未按权责发生制的原则，没有依据的随意计提期间费用;或在年末预提无合理依据的费用;
12.商业保险计入当期费用，未做纳税调整;
13.生产性企业原材料暂估入库，把相关的进项税额也暂估在内，若该批材料当年耗用，对当年的销售成本造成影响;
14.员工以发票定额报销，或采用过期票、连号票或税法限额(如餐票等)报销的发票。造成这些费用不能税前列支;
15.应付款项挂账多年，如超过三年未偿还应纳入当期应纳税所得额，但企业未做纳税调整;
上述4-15项均涉及企业所得税未按《企业所得税条例》及国家税务总局的相关规定计征，在税务稽查时会带来补税、罚税加收滞纳金的风险。
16.增值税的核算不规范，未按规定的产品分项分栏目记账，造成增值税核算混乱，给税务检查时核实应纳税款带来麻烦;
17.运用“发出商品”科目核算发出的存货，引起缴纳增值税时间上的混乱，按照增值税条例规定，商品(产品)发出后，即负有纳税义务(不论是否开具发票);
18.研发部领用原材料、非正常损耗原材料，原材料所负担的进项税额并没有做转出处理;
19.销售废料，没有计提并缴纳增值税;
20.对外捐赠原材料、产成品没有分解为按公允价值对外销售及对外捐赠两项业务处理。
上述16-20项均涉及企业增值税未按《增值税暂行条例》及国家税务总局的相关规定计提销项税、进行进项税转出及有关增值税的其他核算，在税务稽查时会带来补税、罚款及加收滞纳金的风险。
21.公司组织员工旅游，直接作为公司费用支出，未合并入工资总额计提并缴纳个人所得税。
22.很多公司财务人员忽视了印花税的申报(如资本印花税、运输、租赁、购销合同的印花税等)，印花税的征管特点是轻税重罚。
23.很多公司财务人员忽视了房产税的申报，关联方提供办公场地、生产场地给企业使用，未按规定申报房产税，在税务稽查时会带来补税、罚款及加收滞纳金的风险。