查补收入是国家税源的主要组成部分，每年每季每月时有发生，关于查补收入的财税处理，是税企双方均需了解的问题，下面结合实务进行分析。
查补收入的会计处理
1.本年度发生的查补收入，只影响本年度的税收，应按会计准则进行正常的会计核算，调整与本年度相关的账目，以保证本年度应缴税金和财务成果核算真实、正确。对增值税一般纳税人，应设立“应交税费——增值税检查调整”账户，专门核算税务机关稽查应补（退）的增值税。
2.以前年度查补收入。对于以前年度查补收入，应根据《企业会计准则第28号——会计政策、会计估计变更和差错更正》规定，判断是否构成前期差错。当企业要更正重要的前期差错时，应采用追溯重述法进行处理。追溯重述法，是指在发现前期差错时，视同该项前期差错从未发生过，从而对财务报表相关项目进行更正的方法。对于发生的重要前期差错，如影响损益，应将其对损益的影响数调整发现当期的期初留存收益，财务报表其他相关项目的期初数也应一并调整。对于查补的前期收入，如果影响较大，应该通过“以前年度损益调整”科目进行处理。对于不重要的前期差错，只调整发现当期与前期相同的相关项目，属于影响损益的，应直接计入本期与上期相同的净损益项目。
查补收入的税务处理
1.查补收入应作为计提业务招待费、广告费和业务宣传费的基数。《国家税务总局关于企业所得税年度纳税申报口径问题的公告》（国家税务总局2011年第29号）对查增应纳税所得额的填报予以了明确规定。根据公告规定，查补的收入属于“主营业务收入、其他业务收入，视同销售收入”中的一种，应作为业务招待费、广告费和业务宣传费的基数。
2.查补收入可以弥补以前亏损。
根据《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号）的规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。也就是说，查补收入可以弥补以前年度亏损。会计上应该按照《企业会计准则第18号——所得税》的规定，进行相应的递延所得税会计处理，借记“以前年度损益调整”科目，贷记“递延所得税资产”科目。
3.查补收入计入增值税年应税销售额
根据《国家税务总局关于明确〈增值税一般纳税人资格认定管理办法〉若干条款处理意见的通知》（国税函〔2010〕139号）第一条规定，认定办法第三条所称年应税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额、税务机关代开发票销售额和免税销售额。稽查查补销售额和纳税评估调整销售额计入查补税款申报当月的销售额，不计入税款所属期销售额。
例：2012年7月，某税务机关在对2011年所得税检查中，发现某企业一项非正常会计分录，借：银行存款；贷：其他应付款。经查证为该企业出售下脚料的业务，共计936000元，税务机关责令该企业补缴增值税、企业所得税等。假设不考虑城市维护建设税、教育费附加以及滞纳金和罚款等。该企业为一般纳税人，所得税率25%，采用资产负债表债务法进行所得税会计处理。
2012年调整补缴的增值税并结转下脚料收入：
借：其他应付款 936000
贷：以前年度损益调整 800000
应交税费——增值税检查调整136000〔936000÷（1＋17%）×17%〕
因该企业下脚料没有单独核算，均已计入产品成本，因此不需要结转成本。税务机关要求该企业以后单独核算下脚料的成本，并在出售时与收入同时结转。
假设该企业2011年销售收入为1500万元，发生广告费和业务宣传费230万元，适用的广告费和业务宣传费扣除比例为15%，企业当年纳税调增广告费和业务宣传费5万元（230－1500×15%）。2012年稽查以上下脚料，增加当年销售收入80万元，2011年可扣除的广告费和业务宣传费为（1500＋80）×15%＝237（万元），发生的广告费和业务宣传费230万元可全额扣除。则该企业2011年应调增应纳税所得额为80－5＝75（万元）。
根据《企业会计准则第18号——所得税》，广告费会计与税法形成的暂时性差异可以在以后年度无限期转回。2011年企业已将5万元可抵扣暂时性差异进行了递延所得税的会计处理，即：
借：递延所得税资产 12500（50000×25%）
贷：所得税费用 12500
则2012年应调整2011年广告费确认的递延所得税资产，并计提补交的所得税：
借：以前年度损益调整 200000
贷：递延所得税资产 12500
应交税费－应交所得税 187500（750000×25%）
2012年补缴税款时：
借：应交税费——增值税检查调整136000
应交所得税 187500
贷：银行存款 323500
结转“以前年度损益调整”科目
借：以前年度损益调整600000（800000－200000）
贷：利润分配－未分配利润 600000
注意：1.由于上述问题是在2012年7月发现的2011年存在的错误，因此应通过“以前年度损益调整”科目核算。2.税务机关查补税款，应通过“应交税费——增值税检查调整”科目核算，企业自查补缴的税款正常处理，通过“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目核算。